วิชาการเป็นเลิศ เชิดชูคุณธรรม เภสัชกรรมก้าวไกล รับใช้สังคม
การดำเนินงานด้านการบริหารจัดการองค์การ คณะเภสัชศาสตร์ ได้พัฒนาระบบต่างๆ ในองค์การและประสบผลสำเร็จดังนี้
โครงสร้างองค์การการปรับโครงสร้างองค์การทั้งระบบ โดยมีกระบวนการในการดำเนินการอย่างต่อเนื่อง สอดคล้องกับวัฒนธรรมองค์การ วิวัฒนาการของการเปลี่ยนแปลงถึง 3 ระยะ เป็นการปรับโครงสร้างที่ให้เหมาะสมกับสภาพปัจจุบันที่เปลี่ยนแปลง ดังนี้
ระยะที่ 1 การปรับโครงสร้างสำนักงานคณบดีครั้งที่ 1 เพื่อลดขั้นตอน และสายงานทำให้เกิดประสิทธิภาพการทำงาน ได้รับความเห็นชอบจาก อ.ก.ม. มหาวิทยาลัยขอนแก่น คราวประชุมครั้งที่ 2/2545 เมื่อวันที่ 20 กุมภาพันธ์ 2545
ระยะที่ 2 การปรับโครงสร้างสำนักงานคณบดี ครั้งที่ 2 เพื่อบูรณาการงานสนับสนุนวิชาการให้สอดคล้องกับพันธกิจของคณะเภสัชศาสตร์ รับความเห็นชอบจากสภามหาวิทยาลัยขอนแก่น ในคราวประชุมครั้งที่ 3/2546 เมื่อวันที่ 26 มีนาคม 2546 และตามประกาศ อ.ก.ม. มหาวิทยาลัยขอนแก่นฉบับที่ 1/2546 ลงวันที่ 20 พฤษภาคม 2546 และ
ระยะที่ 3 การปรับโครงสร้างการบริหารจัดการรวมทั้งคณะเภสัชศาสตร์ ทั้งสายวิชาการและสายสนับสนุน เพื่อสอดคล้องกับเกณฑ์มาตรฐานหลักสูตรระดับอุดมศึกษา โดยได้รับความเห็นชอบจากสภามหาวิทยาลัยในคราวประชุม ครั้งที่ 8/2548 เมื่อวันที่ 2 พฤศจิกายน 2548 เมื่อวันที่ 2 พฤศจิกายน 2548 เป็นโครงสร้างที่กำหนดหน้าที่ความรับผิดชอบ ในการดำเนินกิจกรรมภายใต้พันธกิจของคณะ กับรูปแบบโครงสร้างองค์กร และโครงสร้างตามหน้าที่ที่เหมาะสม กับพันธกิจ วัฒนธรรม ทรัพยากรบุคคล และเกณฑ์มาตรฐานการจัดการศึกษาที่ สำนักคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) กระทรวงศึกษาธิการกำหนดโดยใช้หลักการประสานงาน คือ พยายามประสานให้กิจกรรมทั้งหลายเข้ากันได้ เพื่อให้งานสำเร็จลงด้วยดี โดยใช้หลักการของรูปแบบคณะกรรมการ การจัดทีมงาน และรูปแบบของโครงสร้างองค์การแบบความสัมพันธ์เชิงซ้อน (Matrix Structure) โดยการบริหารแบบโครงการ ที่ยืดหยุ่นและปรับได้ตามยุทธศาสตร์อย่างเป็นพลวัตร (Dynamic)
การปรับโครงสร้างครั้งนี้ มหาวิทยาลัยขอนแก่นได้นำเสนอต่อ กระทรวงศึกษาธิการ และได้มีประกาศกระทรวงศึกษาธิการอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 22 สิงหาคม 2549 และประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับประกาศและงานทั่วไป เล่ม 123 ตอนที่ 101 ง ลงวันที่ 28 กันยายน 2549 โดยกำหนดโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการ คณะเภสัชศาสตร์ ออกเป็น 2 ส่วนงาน คือ สำนักงานคณบดี และ สำนักงานวิชาการ