คณะเภสัชศาสตร์ ได้จัดตั้งขึ้นเพื่อตอบสนองแผนพัฒนาเศรษฐกิจ และสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 4 (พ.ศ.2523-2525) ตามโครงการพัฒนาการสาธารณสุขของประเทศ คณะเภสัชศาสตร์ ได้ก่อตั้งโดย พระราชกฤษฎีกาจัดตั้งคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น ตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับพิเศษหน้าที่ 1 เล่ม 97 ตอนที่ 197 ลงวันที่ 22 ธันวาคม พุทธศักราช 2523 นับเป็นสถาบันการศึกษาระดับอุดมศึกษา ผลิตบัณฑิตสาขาวิชาเภสัชศาสตร์ แห่งที่ 5 ของประเทศ ถัดจาก จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ มหาวิทยาลัยมหิดล และมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ โดยมีการจัดการเรียนการสอนในสาขาเภสัชศาสตร์ หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต ซึ่งเป็นหลักสูตร 5 ปี เริ่มรับนักศึกษาระดับปริญญาตรี รุ่นแรกเมื่อปีการศึกษา 2525 ต่อมาได้เปิดหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต ภาคสมทบ ในปีการศึกษา 2538 และเปิดสอนหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต (ศึกษาเป็นภาษาอังกฤษ) ในปีการศึกษา 2547 ซึ่งเป็นหลักสูตรแรกของประเทศไทยที่เปิดสอนเป็นภาษาอังกฤษในสาขาเภสัชศาสตร์ และเป็นหลักสูตรแรกในระดับปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยขอนแก่น ที่เปิดสอนเป็นภาษาอังกฤษ และปรับปรุงเป็นหลักสูตรนานาชาติในปีการศึกษา 2552 ปัจจุบันมีการจัดการเรียนการสอนระดับปริญญาตรี 3 หลักสูตร และปรับปรุงหลักสูตร จากหลักสูตร 5 ปี เป็นหลักสูตร 6 ปี

การเรียนการสอนในระดับบัณฑิตศึกษา เริ่มเปิดหลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชกรรมคลินิก ในปีการศึกษา 2538 เป็นการจัดการเรียนการสอนแบบสะสมหน่วยกิต (Module) ปัจจุบันมีการจัดการเรียนการสอนในระดับประกาศนียบัตรบัณฑิต 1 หลักสูตร ระดับปริญญาโท 8 หลักสูตร และระดับปริญญาเอก 2 หลักสูตร โดยมีบุคลากรสายผู้สอน จำนวน 73 คน วุฒิการศึกษาระดับปริญญาเอก จำนวน 66 คน คิดเป็นร้อยละ 90.40 และมีตำแหน่งทางวิชาการ ศาสตราจารย์ : รองศาสตราจารย์ : ผู้ช่วยศาสตราจารย์ : อาจารย์ เท่ากับ 2 : 27 : 30 : 14

คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่นเป็นสถาบันการศึกษาและวิจัยด้านเภสัชศาสตร์ชั้นนำ

1. การผลิตบัณฑิตที่มีคุณภาพสูงด้านวิชาชีพและวิจัย และเพิ่มสัดส่วนบัณฑิตศึกษาที่เน้นความเชี่ยวชาญการวิจัยทางเภสัชศาสตร์

2. การวิจัย ส่งเสริมและสร้างผลงานวิจัยและนวัตกรรมที่สามารถนำไปใช้ประโยชน์ แก้ปัญหา และพัฒนาสังคม โดยคณะฯ มุ่งความเป็นผู้นำด้านการวิจัยทางเภสัชศาสตร์เพื่อชี้นำการพัฒนาสังคม

3. การบริการวิชาการ โดยใช้ความเชี่ยวชาญด้านวิชาชีพและวิจัย เพื่อบริการวิชาการแก่สังคมและสร้างเครือข่ายการเรียนรู้และบริการวิชาการกับสังคม

4. การทำนุบำรุงศิลปะและวัฒนธรรม โดยเป็นศูนย์กลางองค์ความรู้ วัฒนธรรมและภูมิปัญญาท้องถิ่นด้านการอนุรักษ์สมุนไพร และเภสัชกรรมแผนไทย

5. การบริการจัดการองค์กรเป็นองค์กรที่มีระบบการบริหารจัดการที่ดี มีประสิทธิภาพ ประสิทธิผล และมีธรรมาภิบาล สามารถบริหารจัดการทรัพยากรให้มีการสร้างรายได้เพื่อการพึ่งตนเองด้านงบประมาณมากขึ้น

1. การมุ่งเน้นผลลัพธ์ (ประสิทธิภาพ ประสิทธิผล)

2. การมุ่งเน้นผู้บริการ (ตอบสนองความคาดหวัง รับผิดชอบ)

3. Accountability (โปร่งใส นิติธรรม เสมอภาค)

4. ความรับผิดชอบต่อสังคม (มีส่วนร่วม กระจายอำนาจ และคุณธรรม)

ระดับปริญญาตรี (หลักสูตร 6 ปี)

หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต (ภาคปกติ)

หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต (โครงการพิเศษผลิตเภสัชกรเพิ่มภาคสมทบ)

หลักสูตรเภสัชศาสตร์บัณฑิต (โครงการพิเศษหลักสูตรนานาชาติ)

ระดับประกาศนียบัตรบัณฑิต (1 หลักสูตร)

หลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชบำบัด

ระดับปริญญาโท (8 หลักสูตร)

หลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชกรรมคลินิก

หลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชภัณฑ์

หลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการเภสัชกรรม

หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาพิษวิทยา

หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการคุ้มครองผู้บริโภคและการจัดการด้านสุขภาพ

หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชเคมีและผลิตภัณฑ์ธรรมชาติ

หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาศาสตร์ความงามและสุขภาพ

หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชกรรมแผนไทย

ระดับปริญญาเอก (2 หลักสูตร)

หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาวิจัยและพัฒนาเภสัชภัณฑ์

หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชกรรมและระบบสุขภาพ