คณะเภสัชศาสตร์ ได้ปรับโครงสร้างตามนโยบายของมหาวิทยาลัยขอนแก่น ตามประกาศมหาวิทยาลัยขอนแก่น (ฉบับที่ 283/2562) เรื่อง การแบ่งหน่วยงานและหน่วยงานย่อยภายในคณะเภสัชศาสตร์ ลงวันที่ 23 มกราคม 2562 ดังนี้
การบริหารวิชาการ ประกอบด้วย 5 สาขาวิชา คือ
1) สาขาวิชาเทคโนโลยีเภสัชกรรม
2) สาขาวิชาเภสัชกรรมคลินิก
3) สาขาวิชาเภสัชเคมี
4) สาขาวิชาเภสัชเวทและพิษวิทยา
3) สาขาวิชาเภสัชศาสตร์สังคมและการบริหาร
กองบริหารงานคณะเภสัชศาสตร์ ประกอบด้วย 4 งาน คือ
1) งานการจัดการทรัพย์สิน
2) งานการจัดการพัฒนา
3) งานการจัดการศึกษาและจัดการทั่วไป
4) งานการจัดการห้องปฏิบัติการ
หน่วยงานที่จัดตั้งขึ้นตามยุทธศาสตร์ของคณะเภสัชศาสตร์ ประกอบด้วย 3 หน่วยงาน คือ
1) ศูนย์พัฒนาการบริการวิชาการและวิจัย คณะเภสัชศาสตร์
2) สถานปฏิบัติการเภสัชกรรมการผลิต คณะเภสัชศาสตร์
3) สถานปฏิบัติการเภสัชกรรมชุมชน คณะเภสัชศาสตร์
และคณะเภสัชศาสตร์ ได้มีการตั้งภารกิจภายใต้ งาน กองบริหารงานคณะเภสัชศาสตร์ (ตามคำสั่งคณะเภสัชศาสตร์ที่ 121 – 141/2562) ประกอบด้วย 12 ภารกิจ ดังนี้
1) งานการจัดการทรัพย์สิน มี 2 ภารกิจ คือ
• ภารกิจการเงินและพัสดุ
• ภารกิจกายภาพและสิ่งแวดล้อม
2) งานการจัดการพัฒนา มี 2 ภารกิจ คือ
• ภารกิจแผนงาน ประกันคุณภาพและวิเทศสัมพันธ์
• ภารกิจห้องสมุด
3) งานการจัดการศึกษาและจัดการทั่วไป มี 4 ภารกิจ คือ
• ภารกิจจัดการศึกษา
• ภารกิจสนับสนุนการวิจัยและประชุมวิชาการ
• ภารกิจทรัพยากรบุคคล
• ภารกิจสารบรรณ การประชุม และประสานงาน
4) งานการจัดการปฏิบัติการ
• ภารกิจปฏิบัติการเทคโนโลยีสารสนเทศ
• ภารกิจปฏิบัติการและบริการวิชาการด้านตรวจวัดระดับยาและสารเคมีในชีววัตถุ
• ภารกิจปฏิบัติการและบริการวิชาการด้านคุณภาพผลิตภัณฑ์ (การตรวจวิเคราะห์)
• ภารกิจปฏิบัติการและบริการวิชาการด้านคุณภาพผลิตภัณฑ์ (การคุ้มครองผู้บริโภค)
จากการแบ่งโครงสร้างองค์กรและโครงสร้างการบริหารองค์กร ดังกล่าว คณะเภสัชศาสตร์ มีโครงสร้างองค์กร ดังรูปที่ 1 และโครงสร้างการบริหาร ดังรูปที่ 2