คณะเภสัชศาสตร์ ได้ดำเนินการปรับโครงสร้างองค์กร ตามมติสภามหาวิทยาลัยขอนแก่น ในการประชุมครั้งที่ 3/2546 เมื่อวันที่ 26 มีนาคม 2546 และตามประกาศ อ.ก.ม. มหาวิทยาลัยขอนแก่น ฉบับที่ 1/2546 เมื่อวันที่ 20 พฤษภาคม 2546 เห็นชอบ โครงสร้างการบริหารจัดการคณะเภสัชศาสตร์ ประกอบด้วย สำนักวิชาการ และ สำนักงานคณบดี เพื่อให้เกิดความคล่องตัวในการปฏิบัติงานรวมทั้งสอดคล้องสัมพันธ์กับสภาวะการเปลี่ยนแปลงภาครัฐและมหาวิทยาลัยที่เกิดขึ้นโดยกำหนดโครงสร้างองค์กรแบบแนวราบมากขึ้น ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยขอนแก่น พ.ศ. 2549 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับประกาศและงานทั่วไป เล่ม 123 ตอนที่ 101 ง ลงวันที่ 28 กันยายน 2549 ส่วนของคณะเภสัชศาสตร์ กำหนดใน ข้อ 10 ของประกาศกระทรวงศึกษาธิการ โดยแบ่งส่วนราชการของคณะเภสัชศาสตร์เป็น 2 ส่วนคือ สำนักงานคณบดี และสำนักงานวิชาการ

มีการปรับโครงสร้างภายในคณะเภสัชศาสตร์ ในส่วนสำนักวิชาการได้ปรับปรุงโครงสร้างการบริหารจัดการ จากเดิม มี 2 กลุ่มสาขาวิชาหลัก ๆ คือ สาขาวิชาเภสัชศาสตร์ และสาขาวิชาเภสัชกรรมปฏิบัติ เป็น 5 สาขาวิชา เพื่อความคล่องตัวในการบริหารจัดการ ประกอบด้วย

1) สาขาวิชาเภสัชกรรมคลินิก

2) สาขาวิชาเภสัชเคมี

3) สาขาวิชาเภสัชศาสตร์สังคมและการบริหาร

4) สาขาวิชาเทคโนโลยีเภสัชกรรม

5) สาขาวิชาเภสัชเวทและพิษวิทยา

และการแบ่งส่วนราชการในส่วนสำนักงานคณบดี ซึ่งเป็นการแบ่งส่วนราชการโดยมติสภามหาวิทยาลัยขอนแก่น ครั้งที่ 3/2546 และประกาศ ก.บ.ม. สำนักงานคณบดี แบ่งออกเป็น 3 กลุ่มงาน คือ

1) กลุ่มงานการพัฒนา

2) กลุ่มงานการจัดการศึกษาฯ

3) กลุ่มงานบริหารทรัพย์สิน

และในปีงบประมาณ พ.ศ.2558 คณะเภสัชศาสตร์ มีการปรับเปลี่ยนโครงสร้างสำนักงานคณบดีเพื่อให้เกิดความคล่องตัวในการบริหารจัดการ มีการปรับปรุงหน่วยงานย่อยภายใน แบ่งเป็น 8 หน่วยงาน โดยได้รับความเห็นชอบจากที่ประชุมคณะกรรมการประจำคณะเภสัชศาสตร์ ครั้งที่ 12/2557 เมื่อวันที่ 28 ตุลาคม 2557 โดยเริ่มตั้งแต่วันที่ 5 พฤศจิกายน 2557 ประกอบด้วย

1) หน่วยปฏิบัติการและบริการทางวิชาการ ด้านตรวจวัดระดับยาและสารเคมีในชีววัตถุ

2) หน่วยปฏิบัติการและบริการทางวิชาการ ด้านคุณภาพผลิตภัณฑ์

3) หน่วยบริการสุขภาพแบบองค์รวม

4) หน่วยสนับสนุนการวิจัยและการประชุมวิชาการ

5) หน่วยพัฒนาทรัพยากรมนุษย์

6) หน่วยปฏิบัติการเทคโนโลยีสารสนเทศ

7) หน่วยกายภาพและสิ่งแวดล้อม

8) หน่วยสารบรรณ การประชุมและประสานงาน

รูปที่ 1.1 โครงสร้างองค์กร คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น

รูปที่ 1.2 โครงสร้างการบริหารจัดการคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น