คณะเภสัชศาสตร์ ได้ดำเนินการปรับโครงสร้างองค์กร เพื่อให้เกิดความคล่องตัวในการปฏิบัติงานรวมทั้งสอดคล้องสัมพันธ์กับสภาวะการเปลี่ยนแปลงภาครัฐและมหาวิทยาลัยที่เกิดขึ้นโดยกำหนดโครงสร้างองค์กรแบบแนวราบมากขึ้น ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ

เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยขอนแก่น พ.ศ. 2549 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับประกาศและงานทั่วไป เล่ม 123 ตอนที่ 101 ง ลงวันที่ 28 กันยายน 2549 ส่วนของคณะเภสัชศาสตร์ กำหนดใน ข้อ 10 ของประกาศกระทรวงศึกษาธิการ โดยแบ่งส่วนราชการของคณะเภสัชศาสตร์เป็น 2 ส่วนคือ สำนักงานคณบดี และสำนักงานวิชาการ

นอกจากโครงสร้างองค์กรอย่างเป็นทางการ และมหาวิทยาลัยขอนแก่น ได้เห็นชอบในการจัดโครงสร้างองค์กรภายในที่กำหนดขึ้นตามสถานการณ์เพื่อให้เกิดความยืดหยุ่น คล่องตัวในการปฏิบัติงานให้มีประสิทธิภาพ และประสิทธิผล

โดยมติสภามหาวิทยาลัยขอนแก่น ในการประชุมครั้งที่ 3/2546 เมื่อวันที่ 26 มีนาคม 2546 และตามประกาศ อ.ก.ม. มหาวิทยาลัยขอนแก่น ฉบับที่ 1/2546 เมื่อวันที่ 20 พฤษภาคม 2546 เห็นชอบ โครงสร้างการบริหารจัดการคณะเภสัชศาสตร์ ประกอบด้วย สำนักวิชาการ และ สำนักงานคณบดี

ในส่วนสำนักวิชาการ คณะผู้บริหารชุดปัจจุบัน (2553 – 2557) ได้ปรับปรุงโครงสร้างการบริหารจัดการ จากเดิม มี 2 กลุ่มสาขาวิชาหลัก ๆ คือ สาขาวิชาเภสัชศาสตร์ และสาขาวิชาเภสัชกรรมปฏิบัติ เป็น 5 สาขาวิชา ประกอบด้วย 1) สาขาวิชาเภสัชกรรมคลินิก 2) สาขาวิชาเภสัชเคมี 3) สาขาวิชาเภสัชศาสตร์สังคมและการบริหาร 4) สาขาวิชาเทคโนโลยีเภสัชกรรม และ 5) สาขาวิชาเภสัชเวทและพิษวิทยา เพื่อความคล่องตัวในการบริหารจัดการ

และในส่วนสำนักงานคณบดี มีหน่วยงานในสังกัด 3 กลุ่มภารกิจ ประกอบด้วย

กลุ่มภารกิจสนับสนุนการพัฒนา

กลุ่มภารกิจสนับสนุนการจัดการ

กลุ่มภารกิจสนับสนุนการบริหารทรัพย์สิน

โดยมีหน่วยงานภายในที่จัดตั้งขึ้นตามประกาศของคณะ 5 หน่วยงาน ประกอบด้วย

หน่วยปฏิบัติการวิจัยและบริการทางวิชาการ

หน่วยสนับสนุนการวิจัยและการประชุมวิชาการ

ศูนย์ปฏิบัติการเทคโนโลยีสารสนเทศ

สถานปฏิบัติการเภสัชกรรมชุมชน

สถานบริการสุขภาพแบบองค์รวม

รูปที่ 1.1 โครงสร้างองค์กร คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น

รูปที่ 1.2 โครงสร้างการบริหารจัดการคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น